構建親緣樹的R語言套件-SNPRelate 1.34.1
SNPRelate 1.34.1是一個用於從VCF文件中直接計算樣本之間的距離矩陣，構建親緣樹或執行層次聚類的R語言套件。其主要目地是提供方便快捷的函數，幫助使用者從序列數據中快速生成親緣樹或聚類分析結果。
生物資訊學
利用DoubletFinder移除單細胞數據中的雙細胞
單細胞RNA定序（Single Cell RNA Sequencing，scRNA-seq）能夠揭示單細胞基因表達的異質性。然而，這種技術面臨著一個常見的問題，那就是存在雙細胞（Doublets）的干擾。雙細胞是指兩個或更多不同細胞的RNA混合體，其存在會導致基因表達的不準確解讀。因此，我們可以使用 DoubletFinder套件來去除這些雙細胞，從而獲得更精確以及更乾淨的scRNA-seq數據。
單細胞細胞類型自動化註釋利器-scCATCH (3.2.2)
scCATCH是一款自動註釋細胞類型的R套件，包含至少353種的細胞類型、686種細胞亞型和2096個人類和小鼠的細胞類型參考文獻。本文詳細介紹scCATCH的使用方法以及操作流程。
Seurat-如何進行特定細胞的分群subcluster
在單細胞數據研究中，對細胞群進行分群（subclustering）是一個常見的步驟。本文分享了特定細胞分群的分析步驟和方法，並提供了範例數據。
Seurat單細胞數據分析經常使用的5個指令
這篇文章將介紹如何使用Seurat分析單細胞數據，包括如何提取特定細胞、命名和計算百分比等，附有範例數據提供參考。
單細胞數據分析：批次效應與Seurat Integration分析詳解
在單細胞數據分析中，批次效應是一個常見的問題，可能導致對樣本間差異的錯誤解讀。 Seurat Integration方法可用於解決數據整合和轉移問題。
6種細胞特徵數據庫 (Cell type annotation database)-查詢細胞類型的好幫手!
自動化判別細胞的套件，只能用於初步判斷細胞類型。如果想要更進一步確認細胞的類型，則需要仰賴研究人員的知識和經驗進行判斷。以下是一些單細胞數據分析常用的特徵數據庫(cell marker database)，使用方法都很簡單，只需要輸入特徵基因名稱，就能從數據庫找尋到可能的對應細胞，提供大家參考。
單細胞細胞類型自動化註釋利器-SingleR (2.2.0)
單細胞細胞類型自動化註釋利器
Clustree (0.5.0)-聚類(clustering)層次化的好物!
Clustree是一個基於R語言的套件，用於可視化聚類樹 (clustering tree) 的結構和層次。該套件提供了一個簡單而直觀的方式，讓研究人員能直觀探索聚類分析的結果。