繪製火山圖的強大套件 – EnhancedVolcano 1.18.0
火山圖（Volcano plots）是一種常用於可視化差異表達分析（Differential expression analysis）結果的呈現方式，在生物學、基因組學、藥物研發等領域都有廣泛的應用。通過火山圖，研究人員可以直觀地了解在不同條件下的基因或分子表達差異，並從中識別出在生物學過程、疾病發展等方面具有重要意義的變化。在這裡跟大家分享一個繪製火山圖的強大又直覺的R套件，EnhancedVolcano。
生物資訊學
構建親緣樹的R語言套件-SNPRelate 1.34.1
SNPRelate 1.34.1是一個用於從VCF文件中直接計算樣本之間的距離矩陣，構建親緣樹或執行層次聚類的R語言套件。其主要目地是提供方便快捷的函數，幫助使用者從序列數據中快速生成親緣樹或聚類分析結果。
利用DoubletFinder移除單細胞數據中的雙細胞
單細胞RNA定序（Single Cell RNA Sequencing，scRNA-seq）能夠揭示單細胞基因表達的異質性。然而，這種技術面臨著一個常見的問題，那就是存在雙細胞（Doublets）的干擾。雙細胞是指兩個或更多不同細胞的RNA混合體，其存在會導致基因表達的不準確解讀。因此，我們可以使用 DoubletFinder套件來去除這些雙細胞，從而獲得更精確以及更乾淨的scRNA-seq數據。
如何利用R將多個定序檔案合併起來
當樣本多達數十上百個時，在前端的資料整理就足以讓人頭昏眼睛裂，再加上實驗室錢錢不足無法購買分析軟體的情況下，老闆大多都只能犧牲分析者的眼睛去手動完成這些事情。既然實驗室沒錢，又不想要眼睛裂掉，R語言就是我們的最佳朋友，以下是將所有定序檔案合併起來的方法，提供大家參考。
單細胞細胞類型自動化註釋利器-scCATCH (3.2.2)
scCATCH是一款自動註釋細胞類型的R套件，包含至少353種的細胞類型、686種細胞亞型和2096個人類和小鼠的細胞類型參考文獻。本文詳細介紹scCATCH的使用方法以及操作流程。
Escape v1.5.1套件-單細胞基因集通路分析(ssGSEA)範例
本文詳細介紹用於分析ssGSEA的R package - Escape。透過該套件，使用者能夠快速進行樣本通路分析、可視化以及顯著分析。此外，本文也提供範例數據供使用者參考。
Seurat-如何進行特定細胞的分群subcluster
在單細胞數據研究中，對細胞群進行分群（subclustering）是一個常見的步驟。本文分享了特定細胞分群的分析步驟和方法，並提供了範例數據。
Seurat單細胞數據分析經常使用的5個指令
這篇文章將介紹如何使用Seurat分析單細胞數據，包括如何提取特定細胞、命名和計算百分比等，附有範例數據提供參考。
單細胞數據分析：批次效應與Seurat Integration分析詳解
在單細胞數據分析中，批次效應是一個常見的問題，可能導致對樣本間差異的錯誤解讀。 Seurat Integration方法可用於解決數據整合和轉移問題。
